ラスボスとエンディングの演出が下記の条件により変わります。
真のラスボスが出てくる条件：1000年前でワイズマンを倒す
真のEDが見られる条件：三人組のマキナアルマを倒して選択肢で見逃す（ただしそうすることによって見逃した三人組が図鑑に載らず、コンプは2周目以降になる）
真のEDとは言っても演出が多少変わるくらいなので、図鑑コンプを優先する人は見逃さずに倒してしまってもいいかも。
以下完全なネタバレなので隠します。
■三人組のマキナアルマを倒して選択肢で見逃す＆1000年前でワイズマンを倒した場合のラスボス戦〜EDの流れ
ネロ＆マキナ4体を倒す
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ネロ、マキナに食われる
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帰ろうとしたらワイズマン現れてネロにとりついて変な化け物に
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異空間で化け物ワイズマンとしばらく戦闘して強制敗北
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倒れたミリィ、ギロ、サギだったがサギはなんとか起き上がる
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ティスタ、ペッツ、ピエーデ、ポルコが現れてサギ激励イベント
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ミリィ、ギロも起き上がり再び化け物ワイズマンと戦闘
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勝利後異空間から元の場所へ戻る
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ミリィが「もうダメってときに誰を思い出してがんばったの？」とサギに問い
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複数選択肢（どれを選んでもその後のセリフが変わるだけ）
◆もちろん＿＿だよね？
サギ：うん、＿＿のことを考えてた。初めて＿＿が語りかけてきたときのこと、そして、こころをひとつにした時のことをね。
◆ミリィだったみたい
サギ：だ、ダメだよ！そんなこと教えたら！！
ミリィ：なに？ なになに？誰だったの？
◆ギロだったかな
サギ：だ、ダメだよ！そんなこと教えたら！！
ギロ：どうした？それぐらい教えてくれてもよかろう。
◆ローロかも
ミリィ：ちょっと、まさかあの発明女じゃないでしょうね？
サギ：え！？いや、違うよ、ん、と、いや違わないか……な。
ミリィ：どっちなの！？ サギ！！
◆ジーナだった
サギ：母さんだよ。あいつの意識に引きずり込まれそうになったとき、母さんの翼を思い出したんだ。
◆なんにも考えてなかった
サギ：なにも考えなかったよ。こころを無にして、呑み込まれないようにって。
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ちょっと戻ると、サギ取り込まれミリィとギロのイベント
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走って帰ろうとしたが敵複数に囲まれ、ヒューズが助けにくる「俺の拳がどこまでもつか！」
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紋章壁があって逃げれないってときにナスカが現れてコード入力で紋章壁消える
コード打つのやめると紋章壁は復活してしまう
ナスカが脱出路知ってるから先に行けと言いサギは安心し先に行く
ナスカ「脱出路探してみるかな、もしかしたらあるかもしれない」
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スフィーダが無いどうしよう、爆発でミリィ落下、サギも追って落下、ミリィ抱きしめる「離さないで…」
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スフィーダが来た、どうやらヴァララが助けにこさせたらしい
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サギ「ヴァララありがとう！」ヴァララ「ちが…し、仕事なんだよこれも！」
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サギミリィ、ミラに駆け落ちしようとしたがいろんな人に見送られる
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スタッフロール
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ミラで暮らす二人、サギが持ち帰ったと思われるギロの頭の眼が光りギョロリ
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元老院「ゲルドブレイム殿しかいない！」ゲルドブレイム「ゲオルグをよべい！」
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カラスの赤ん坊時代
■三人組のマキナアルマを倒して選択肢で見逃さないor三人組のマキナアルマを放置＆ワイズマンを放置した場合のラスボス戦〜EDの流れ
ネロ＆マキナ4体を倒す
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ま…マキナがネロを…喰ってる…！
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普通に移動できるように
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ちょっと戻ると、サギが取り込まれる
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ミリィとギロのツンデレ合戦
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ギロを残して普通に歩いて戻る
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うはｗｗスフィーダナサスｗｗｗ
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おちたー
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サギもおちたー
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ハグ
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なんか都合よくスフィーダきた
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領主勢ぞろいのなかミラへ
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スタッフロール
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変な動きのムービー
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ゲルドブレイムタナボタ
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赤ちゃん